La emblemática Unidad Educativa del Milenio “Manuel J. Calle”; institución que fue nombrada así en memoria de uno de los más grandes e ilustres personajes de la Atenas del Ecuador; Manuel de Jesús Calle Pesantes, ésta comunidad educativa ha pasado por etapas memorables y cambios en cuanto su nombre institucional refiere; han llevado su importancia y su gloria como una institución educativa de prestigio y emblema cuencano.

Su creación fue realizada por gestiones de Daniel Córdova Toral un 6 de agosto de 1928, con el nombre de Colegio Normal Manuel J. Calle, permaneciendo con ese nombre hasta 1975, su misión formar docentes para la cuna cuencana de ese entonces. A partir de esa fecha tomará el nombre de Colegio Nacional Manuel J. Calle desde 1975 hasta 1980; en el periodo lectivo 1981-82 llevaba el nombre de Colegio Nacional Mixto “Manuel J. Calle”; luego en el año lectivo 1982-83 hasta octubre de 1986 se restituirá la calidad normal de la institución quedando, así como Colegio Normal Superior “Manuel J. Calle”; y, según el Ministro de Educación Dr. Claudio Malo González llevará el nombre de Colegio e Instituto Normal “Manuel J. Calle”.  (Libro de Vida del Colegio “Manuel J. Calle” septiembre 1963 – Julio 1994, pág. 78)

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En los años lectivos siguientes a partir de 1991 su nombre será Colegio Experimental “Manuel J. Calle”; hasta el 24 de agosto de 2017 donde llevo por nombre de Colegio de Bachillerato. Sin embargo, a partir de esta fecha y en su actualidad pasa a tomar el nombre de Unidad Educativa del Milenio “Manuel J. Calle”, mediante una fusión con la emblemática Unidad Educativa Ezequiel Crespo.